女孩们都做了同一个梦，一个名为“舰魂”的使者告诉女孩，深海已经苏醒，舰队复活的时候到了！
第二次世界大战之后，邪恶的深海势力遭受到了沉重打击，但是并没有完全消失。数十年后的今天，蛰伏了很久的深海舰队利用异次元碎片的神秘力量复活。世界又将再度重燃战火！
为了对抗深海势力，沉睡在大洋中的战舰凝结了自己的战斗意志“舰魂”，寄身在女孩身上，每个女孩都能召唤出所属的舰魂，化身为强大的舰娘！战斗已经开始！