数码宝贝圣十字军游戏中玩家要扮演被选召的战士，在天女兽的引导下取回世界的和平。本作中收录了许多特别绘制的原创数码宝贝插画。游戏采用触控方式选择卡牌，透过颜色与数字的组合来给予数码宝贝指令的战斗形式。被打倒的敌方数码宝贝有机会被收服并成为伙伴，而成为伙伴的数码宝贝们可通过“强化合体”的方式来进化，让力量进一步提升。