神秘洞穴是游戏中重要的特色玩法之一，分为啵咕洞穴和魔虫入侵两种玩法。周一到周六交替开启，周日全开。其中啵咕洞穴主要考验主公的杀怪数量，魔虫入侵则主要考验主公的生存能力。
12级后，点击主城神秘洞穴进入副本。
两个玩法都是点击进入矿洞按钮后打开玩法说明及界面，点击战斗则进入难度选择界面，选择好难度就可以进入战斗了，每次挑战消耗6点体力，每天可挑战5次。两种玩法随着等级的提升，可以体验更高难度的关卡，但必须通关前面的关卡
进入战斗后则需要根据类型在限定时间内或全部武将死亡前完成目标，然后根据完成结果判断星级，三星通关后可以开启自动扫荡功能。
