在《大航海时代5》手游中比较智能的设定就是，航线设定界面可点击想要去的目的地，此后系统会自动规划出所选目的地的航线。如选择城市、据点以外的海域为目的地，则会进入那片海域的“探索航海”模式。如持有相邻海域的海图，点击海图边缘领域可切换到相邻海域的海图。
最远航行距离根据编入船队的船只和担任探索职位的海员的能力不同而不同。
航海所必需的体力也会根据航行距离和担任“探索”职位的海员的能力不同而产生变化。
所消耗的食物根据出行全体海员的爵位不同而不同。
在设定航线界面，可以回复体力、补充食物、雇佣船员、装备物品。
回复体力需要消耗“精力”。
补充食物只能在城市中进行。
雇佣船员只能在城市及据点中进行。
装备物品可用于航海中的突发事故，能避免事故造成的损失。
*海域的危险度越低，新雇佣船员的士气就越高。
*玩家等级越高，可装备物品的数量就越多。
