战斗系统全面升级，战斗将会分为三个阶段，电子战、对舰战和对地战。
电子战：使用电子战设备干扰对方的母舰与机娘，对其造成削弱。
对舰战：双方母舰的对决，有几率摧毁对方的武库。
对地战：双方母舰释放机娘进行战斗，获胜的一方将获得最终的胜利。
除此之外，与母舰战配套的母舰装备也进行了全面升级，母舰装备将会分为电子战、对抗武装、支援强化装备三类。
电子战装备：增强母舰的电子战能力与对应抗性
对抗武装：增加母舰的对舰火力与对地火力
支援强化装备：提供对机娘的各种属性加成
电子战装备有多重类型可供玩家选择，包括：降低敌方母舰火力、增加敌方技能冷却、增加敌方技能消耗、降低对方能量回复、降低敌方技能触发几率、降低敌方治疗效果等效果。我方也可装载对应的装备来应对敌方的干扰设备。
装载各种装备会消耗母舰的能量并占用母舰空间，玩家需要根据自身的战术合理安排装备搭配。
图：电子战准备阶段
图：电子战干扰成功
图：战斗中电子战削弱对方
