烦恼值是《妖怪百姬》一个非常独特的设定，每一位妖怪美少女都会有“烦恼”，但这里的烦恼并非负面状态，烦恼值越高，妖怪的状态就提升的越多唷。所以，妖友们要想办法提升妖怪们的烦恼值。相同妖怪合魂时会增加「烦恼值」。
与升华阶段无关，相同妖怪合魂时每1体可以付与10点烦恼值(大成功2倍)，「命」、「攻」、「防」的状态会上升，若使用已经持有烦恼值的妖怪进行合魂会继承该妖怪所持有的烦恼值。但是「猫又」与「ゆけむり猫又」虽然是同一只妖怪，却不是同一升华系统的妖怪，所以合魂烦恼值不会上升。
还有全属性的豆腐小僧会被视为同一个妖怪，但不同属性合魂烦恼值不会增加。
烦恼値MAX
烦恼值最大108时增加的状态值会有Bouns，会随着稀有度有所差异，升华后Bouns会自动提升到当前稀有度的数值。
「山彦：木」的効果
「N山彦：木」「R轮唱山彦：木」是可以让所有妖怪烦恼值提升的妖怪。做为素材妖怪合魂，「N山彦：木」1体可以使烦恼值增加1，「R轮唱山彦：木」1体可以使烦恼值增加5。
