不同于市面上大多数只存在单一战斗模式的卡牌游戏，只存在英雄之间的对拼，胜负只取决于是否能够消灭所有敌方单位，《超能游戏王》在这种基础战斗模式的前提下，额外增加了其他种类战斗模式，丰富了玩家的游戏经历，给玩家多种战斗选择。
守护模式：副本通关要求保护目标不能被击杀或者摧毁，保护目标可能是建筑也可能是NPC，拥有一定的HP，因此玩家不能只顾清怪，还需要安排英雄来保护目标
推塔模式：副本通关要求摧毁所有建筑物，建筑物会有敌方英雄或者怪物来守护，因此只是击败敌方英雄并不能完成通关，必须要将敌方主基地拆毁。
小提示：推塔模式中，可以直接集火攻击建筑物，拆毁主基地后，不必击杀敌方英雄也可以直接通关。
